细菌性阴道炎的治疗并不是用盐水进行清洗，而选用抗厌氧菌的药物。主要包括甲硝唑、替硝唑和克林霉素，其中甲硝唑可抑制厌氧菌生长，而不影响乳杆菌的生长，是比较理想的治疗药物。药物治疗可以选择全身口服药物，也可以选择局部阴道上药，对于哺乳期的女性可以选择局部用药比较好。由于细菌性阴道炎可以造成子宫内膜炎、盆腔炎性疾病以及子宫切除后阴道残状感染，因此对于准备行宫腔操作，或者是子宫切除的病人，就算没有症状也需要接受治疗；而且细菌性阴道炎和产科的绒毛膜羊膜炎、胎膜早破、早产、产后子宫内膜炎等不良妊娠结局有关，因此有症状的妊娠期病人也需要接受治疗；对于细菌性阴道炎复发的病人，可以再次治疗时选择不同的抗厌氧菌药物。