首先要明确造成三岁宝宝扁桃体肥大的病因，若是由于细菌感染所造成的，要积极的控制炎症，可以选用敏感的抗生素如青霉素类，头孢类，大环内酯类的消炎药物，而且炎症一定要消除彻底，若是由于急性扁桃体炎迁延不愈或者是扁桃体反复受到炎症刺激，病史比较长，已经形成了慢性扁桃体炎因此造成的增生肥大，如果有明显不舒服的表现的情况下，比如说睡时打鼾，呼吸不畅是需要采取手术来切除治疗的，术后也应当注意预防感冒。