阴茎尿道口红肿流脓的原因有以下几点：1、淋病。当不洁的性交感染链球菌后，可表现出尿道口流脓，流出黄色脓性分泌物，同时伴随尿频、尿急、排尿疼痛的症状，这是典型的淋症的表现。如果病人有过不洁的性接触史，表现出类似症状，建议到医院留取黄色的脓液做淋球菌的涂片或者做淋球菌的培养检查。如果培养或者涂片检查确诊，建议积极治疗，如不治疗，后期可能后遗尿道狭窄等并发症。2、非淋球菌性尿道炎。多见于支原体、衣原体或者其他非典型菌感染后，也可表现出尿道口流出黄色的脓性分泌物淡。此种黄色脓性分泌物相对稀薄，量比较少，有时仅仅在内裤上看到黄色的结痂，多伴随尿道内的瘙痒或者排尿不适的症状。建议留取分泌物做支原体、衣原体培养，培养出支原体和衣原体，建议使用大环内酯类抗生素进行治疗。