为了达到溃疡的愈合，抑酸药物的疗程正常为4~6周，一般建议十二指肠球部溃疡的质子泵抑制剂疗程为4～6周，胃溃疡的疗程为6~8周，根除幽门螺杆菌所需的1~2周疗程，可重叠在4~8周的抑酸药物疗程内，也可在抑酸疗程结束后进行。消化性溃疡愈合后，大部分患者可以停药，但对于溃疡多次复发，在祛除多见诱因的同时，要求进一步查找是否存在其他的病因，并给予维持治疗，即较长期服用维持剂量的h2受体拮抗剂或质子泵抑制剂，疗程因人而异，短则3~6个月，长者1~2年，视具体病情延长用药时间。