造成指甲缝疼痛的原因，有可能是指甲缝里存在有异物，没有及时的清除出去，这时就会使指甲缝感到疼痛，如果发生感染，还有可能会造成甲周炎等疾病。造成指甲缝疼痛的原因，还有可能是指甲缝被金属锐器刺伤以后造成的，这时要及时的到医院打破伤风针，来预防伤口表现出破伤风杆菌感染。造成指甲缝疼痛的原因，还有可能是指甲缝内存在有真菌感染，如果存在有真菌感染，可以遵医嘱使用一些抗真菌的药物来治疗。在治疗期间，还可以使用碘伏等消毒剂来对感染部位进行消毒，同时还要注意手部卫生。