精子畸形率99%，可能会造成正常怀孕的几率减少，这时候可能会造成存在有胚胎停育，自然流产的几率增高，并且也有可能会造成女性不怀孕的几率增高。一般情况下精子的畸形率是要控制在30%的范围之内，如果是存在精子畸形率99%的情况，这时候最好是采用人工授精或者是试管婴儿的方式，在体外选择没有畸形的精子和优质的精子，将卵子和精子结合发育成受精卵后，再移植到宫腔内生长发育，才能够提高怀孕的几率，并且也有利于怀孕后宝宝的生长发育，提高优生优育的质量。