治疗肛隐窝炎可以经过保守治疗，减轻症状。如果反复发作且肛隐窝内形成脓液或伴随肛乳头肥大、瘘管形成的病人应该积极的行手术治疗，可以应用一些中药进行调理，口服止痛如神汤，起到清热利湿、活血止痛的作用。还可以应用抗生素，起到抗感染的作用。根据感染细菌的不同种类，给予相应的药物，必要时可以做药敏试验。选用的药物一般由甲硝唑、庆大霉素、磺胺类等药物。还可以应用中药坐浴或熏洗，常用的药物有五倍子汤、苦参汤或祛毒汤，药物加水煮沸，先熏后洗，还可以将太宁栓塞入肛门内，起到抗炎的作用。如果肛窦炎反复发作，形成脓肿，应该行手术治疗。