肛门内疼痛的原因有很多：一、如果病人既往排大便困难、便秘，有可能造成痔疮的发生，痔核反复脱出肛门，局部充血会造成肿胀，有时合并血栓形成血栓性痔疮，表现为疼痛。二、如果病人腹泻，有时会造成肛腺感染，沿肛管、直肠向周围蔓延，形成肛周脓肿或者直黏膜肠下脓肿，直肠指诊时可以在肛门内触及波动度明显的包块，触之伴疼痛。三、如果病人经受外力以及异物的侵入，比如刀、枪等，可以经过视诊观察肛周创口，也会造成肛门内疼痛。因此，造成肛门内疼痛的原因很多，应该结合病史、直肠指诊，必要时置入肛门镜检查来明确它的原因。