如果发现上厕所肛门裂开的疼，可能有以下几种原因：1、可能是由于肛裂造成的，这种情况一般伴随有明显的便秘，而且是排便后疼痛，疼痛比较剧烈，难以耐受。2、可能是由于痔疮造成的，而且是痔疮合并感染或者是血栓性外痔等表现，这种情况伴随有明显的便后疼痛、出血，同时可能伴随肿块的突出。3、上厕所肛门疼可能是由于直肠炎症造成的，由于肠液刺激肛周黏膜的皮肤造成的疼痛。如果发现上厕所肛门裂开的疼，建议还是到正规的专科医院系统的检查，明确诊断后采取及时有效的对症治疗。