造成先天性心脏病的原因有很多，最多见的还是跟母体在怀孕期的疾病有关系。如果母亲在怀孕的前3个月，即在心脏形成的阶段受到外界的影响，比如患有普通的感冒、流感、风疹等等，这些病毒感染可能会造成表现出心脏畸形。如果母亲接受了放射线的治疗或者服用某些药物，也会造成心脏畸形，这是最多见的先天心脏病的发病原因。有一些先天性心脏病跟遗传有关系，比如有一些综合征，比如马凡氏综合征或者21三体综合征，往往会合并有先天性心脏病，这是基因和染色体的遗传问题造成的，因此和遗传也有关系。