泌尿系感染多数是由于细菌感染造成。可能是由于血行传播，比如肾皮质脓肿、肾皮质急性感染或者肾周围炎，可能是由革兰氏阳性菌经过血行感染造成的。也可能由尿路逆行感染造成，比如尿道炎症可以逆行感染造成膀胱炎，甚至输尿管炎等。少部分的尿路感染可能是支原体或衣原体感染造成，比如非淋菌性尿道炎造成的膀胱炎。还有一些特异性的感染，如泌尿系结核可能是血型感染造成肾结核、膀胱结核等，也可能是经过泌尿系的逆行感染造成前列腺结核，不一而足。