肩膀两侧长痘痘最多见的原因是毛囊炎。毛囊炎是毛囊的炎症反应，其病因最多见的是外部病原体的感染，但是也存在一些特殊类型的毛囊炎病因不明，所以建议病人去往正规医院进行检查，以明确具体病因。毛囊的病原体感染常继发于毛囊的损伤，肩部毛囊损伤的多见原因包括皮肤外伤、穿紧身衣服刺激到了毛囊、患有其他皮肤病造成皮肤屏障功能受到破坏等。此外，肩部毛囊炎还存在很多诱发因素，如身体免疫力下降、长时间在肩部应用糖皮质激素、肥胖、病人经常食用辛辣、油腻等刺激性食物等。