小便时尿道口疼的主要原因是由于泌尿系感染造成的。泌尿系感染包括特异性感染和非特异性感染，非特异性感染指的是普通的细菌感染。特异性感染包括结核菌素的感染以及淋球菌感染等等特殊细菌感染造成的。无论是特异性的还是非特异性的，都需要进行尿常规、泌尿系彩超等相应的检查明确诊断。可以进行细菌培养，根据药敏试验选用敏感的抗生素进行治疗。除了泌尿系感染以外，泌尿系的结石，肿瘤等也有可能造成上述情况，但是发病的比例相对是较低的。