牙周囊袋可以进行以下治疗：一、牙周囊袋的深度小于五毫米，不超过膜龈联合部时，可在局部麻醉下进行切除，将手术刀刃斜向冠方，和牙体长轴呈45度切开，直达上方的根面，切除上皮组织，修整龈缘，使用生理盐水冲洗创面，压迫止血，外敷牙周塞治剂等。二、牙周囊袋深度超过五毫米时，需进行牙龈翻瓣从根面剥离软组织，刮除病变骨质和肉芽组织，放置骨粉和骨膜压紧龈瓣，使其贴合在根面，悬吊缝合牙龈乳头，7-10天后拆除缝线。