月经不调伴有小肚子疼，应当及时的来做调经治疗，等月经周期变的规律以后，腹痛的症状是可以自然缓解的。这段时间内先看一下分泌物和经期的变化，等月经来临期间可以预约抽血检测，主要是看一下激素六项的水平。如果显示没有太大的问题，遵医嘱来配伍一些中药，经过补气养血调经的中药来治疗之后，帮助逐渐的建立规律的月经周期。等月经恢复之后观察腹部的症状，如果还是会有小肚子不舒服，有可能是因为有盆腔炎或者子宫内膜炎的感染，经过预约彩超等检测之后，再安排一些清热利湿抗炎功效的中药来慢慢的调理，促进身体的恢复。