小便的时候龟头疼痛有可能会是以下几种疾病：第一，尿道炎。如果有存在尿道炎，尿道分泌物病原体持续刺激黏膜就有可能会表现出小便龟头疼痛，也是属于比较多见的病情表现之一。第二，膀胱炎。膀胱炎的病人也会有表现出小便疼痛的症状，而且多数发生在小便快要结束的时候。第三，龟头炎。若病人有存在龟头炎，龟头部位有一些破损溃疡等等，则小便的时候尿液刺激到破损溃疡处，也就有可能会造成刺激性的疼痛。第四，结石性疾病。如果是有存在尿道有结石，也容易表现出排尿疼痛的症状。