月经干净两天会不会怀孕是无法确定的。一般情况下月经过后两天属于安全期是不会怀孕的。但是如果女性的月经周期不规律或者经期较长、月经周期缩短，由于受到精神、心理等各方面的情绪波动，也有可能卵巢提前发生排卵，同房后也有可能会发生怀孕，因为精子存活的时间最长可以达到15天，因此这个时候同房是有怀孕的几率。若是不想怀孕，月经过后两天同房最好是采用安全套或者放置宫内节育器等避孕措施，效果较好，避免造成女性发生意外妊娠，影响身体的健康。