杀幽门螺旋杆菌的药会表现出消化道的刺激、过敏反应、肝肾功能损害等副作用。当人体表现出幽门螺旋杆菌后会造成慢性的胃炎、胃溃疡，还会造成病人表现出恶心、呕吐，胃部反酸、烧心等临床症状。治疗幽门螺旋杆菌时会使用广谱抗生素治疗，抗生素对人体有副作用，病人会表现出消化道方面的症状，造成腹部胀痛、恶心等情况。部分病人在服用药物后，容易表现出皮肤红斑、瘙痒、皮肤红疹等临床表现，如症状严重会表现出过敏性休克。药物会经过肝脏代谢，还会表现出肝肾功能损害，如表现出药物性肝炎、肾炎，少数人会表现出精神系统的损伤，损伤病人的听力，造成头晕、头疼。