怀孕初期小肚子疼的原因比较多：一、胃肠道消化不良，造成肠道不正常收缩，有可能是胃肠道的炎症因素造成的。二、生理性的因素，由于受精卵着床造成局部神经牵拉痛。三、本身孕妇有炎症，在怀孕早期受到体内激素水平的刺激，神经牵拉造成左侧腹痛，左侧的输卵管囊肿、盆腔积液、盆腔炎症等病变都可能有左侧腹痛。四、如果伴随阴道出血、腰酸、一侧腹痛等，要及时到医院进行妇科B超及血HCG和孕酮的检查，排除是否有宫外孕的可能性，如果为宫外孕，要积极处理。