复杂性肛瘘只有两个或两个以上内口或外口，有两条以上瘘管或支管的肛瘘，复杂性肛瘘在肛瘘治疗中最为棘手，其发病原因和形式多样。有时肛瘘或脓肿反复感染，随着感染的加重，脓腔压力增高，感染播散至其他间隙，有时会形成马蹄形肛瘘，有时会形成高位瘘或括约肌上瘘。如果手术治疗肛瘘中探查不仔细，人为导致内口或有残余支管等因素，可以导致简单肛瘘复杂化，特别是残余支管的遗留会导致伤口不愈合或加重，形成复杂性肛瘘。