肛门疣可以进行治疗，可以用于破坏疣体，调节局部皮肤生长，刺激局部或全身免疫反应，经过治疗可以使肛门疣体去除，不产生斑痕，诱导终身免疫，避免复发。不是所有的肛门疣都需要治疗，如果没有症状，有时可以自行消失。肛门疣的治疗方案需要根据类型、病人的年龄、既往治疗史以及疗效来共同制定。肛门疣的治疗一般包括物理治疗以及外用药物治疗，必要时还可以行冷冻、激光治疗。如果肛门疣带蒂瘤体比较大，孤立还可以行手术切除。