甲状腺结节的处理，要根据甲状腺结节的良恶性来选择。一般对于临床高度疑似恶性，或者甲状腺穿刺可以确定为可疑恶性，或者恶性的结节，需要立刻进行手术治疗。当结节表现出压迫症状，尤其是胸骨后和纵隔内甲状腺肿，造成压迫症状时，也应该手术治疗。具有自主功能的热结节，可以采用放射性碘治疗。就算临床判断为良性的结节，也应该长时间的随访，并且定期的进行甲状腺B超检查。如果临床或超声表现出可疑的恶性症状，或者结节体积增大超过50%，应该重新行甲状腺B超引导下的甲状腺穿刺治疗。