发生感染性心内膜炎之后，抗微生物药物治疗是最重要的治疗措施，需要在早期足量和静脉用药，如果病原微生物不明，急性者可以先选用针对金黄色葡萄球菌、链球菌和革兰氏阴性杆菌均有效的广谱抗生素，亚急性者可以选用针对大部分链球菌包括肠球菌有效的抗生素。已经分离出病原微生物的，应当根据病原微生物对药物的敏感程度来选择抗生素。此外，如果病人治疗效果不佳，也可以考虑外科手术，它的主要适应症有：由瓣膜功能衰竭所造成的心力衰竭，尽管在积极的抗生素治疗条件下仍然有持续的败血症和再次发生栓塞。