阴茎上长小水疱的原因有以下几种：1、有可能是由于真菌感染造成，真菌感染多数是由于不注意个人卫生造成，还有可能是由于不洁的性生活造成，可以涂抹抗真菌类的药膏来进行治疗。2、有可能是有毛囊炎症，和长时间慢性炎症刺激也有关系，可以使用高锰酸钾来进行清洗，能够有效的起到消炎杀菌。3、有可能是有生殖器疱疹的症状，可以在局部涂阿昔洛韦软膏，能够有效的起到抗病毒的作用。除了考虑以上3种原因，也不排除是否有尖锐湿疣以及阴囊湿疹的症状，因此一旦表现出以上症状，最好是在医生的指导下做相应的治疗。