食管胃黏膜异位的癌变率具体到每个人要因人而异，现阶段没有具体数据，但一般认为发生率不高，即便明确癌变率，也不能准确代表就会或不会癌变；建议病人一旦确诊为食管胃黏膜异位症，应改善生活饮食习惯，定期复查，积极治疗，防止病情恶化；有严重并发症时可在内镜下治疗，并发食管局部狭窄行探条扩张并结合制酸治疗是有效的；有严重的并发症且内镜下治疗无效者应考虑手术治疗。