宝宝消化不良发烧是会自愈的，因为宝宝消化不良会造成积食的情况，会造成腹胀厌食，可以给予多喝水，腹部按摩就可以缓解。但是如果宝宝发热可能是由于病毒或细菌感染造成的，要给予对应的对症治疗。必要时去医院进一步检查血常规、C反应蛋白以及大便常规来明确诊断，避免耽误病情。可以给予助消化以及益生菌来调理肠道，改善肠道的功能，以利于宝宝健康饮食。