慢性肠胃炎主要包括肠结核和炎症性肠病。炎症性肠病主要指溃疡性结肠炎和克罗恩病。肠结核的治疗主要是抗结核治疗，就可以选择抗结核的药物：有利福平、异烟肼等，疗程是半年到九个月。而炎症性肠病可以选择水杨酸类药物，糖皮质激素和细胞免疫抑制剂治疗，严重的溃疡性结肠炎或克罗恩病可以选择生物制剂，如类克等治疗。如果克罗恩病并发肠瘘或肠梗阻等并发症，必须要使用外科手术治疗。因为炎症性肠便具有反复发作，终身反复的特点，需要长疗程的治疗。一般需要治疗两年以上，部分病人需要终身维持治疗，终身维持治疗的药物主要是水杨酸类药物。