使用益生菌对儿童是有一定好处的，国家在2017年发布了《益生菌儿科临床应用循证指南》中指出，当儿童患有急慢性腹泻和抗生素相关性腹泻时，可以使用益生菌。益生菌对肠道具有双向调整的功能，如果孩子存在功能性便秘，辅助使用益生菌，也可以起一定的缓解作用，能够缩短粪便运输的时间，缓解便秘。同时益生菌对其它的消化系统疾病，也有辅助治疗作用，比如对炎症性肠病、肠易激惹综合征、乳糖不耐受、幽门螺杆菌感染以及婴儿的胆汁淤积症、新生儿坏死性小肠结肠炎，也可以起到辅助治疗作用。在新生儿的湿疹也可以应用益生菌进行辅助治疗，但是指南也同时指出，益生菌的作用具有明显的菌株特异性和剂量依赖性，不同的病人之间存在着个体差异，因此在选择的时候要注意个体化，同时注意在对免疫功能受损或者有基础疾病的病人选用益生菌的时候，要注意也可以造成一定的副作用。