宫颈癌二价、四价、九价疫苗最主要的区别是针对的HPV亚型不同。二价疫苗主要针对HPV的16和18这两种亚型，这两种亚型也是最容易造成宫颈癌的亚型。四价疫苗包含了二价疫苗，还加了6和11两种亚型。6和11这两种亚型主要有预防尖锐湿疣的作用。九价疫苗不仅包含了四价疫苗，还加了31、33、45、52、58五种亚型。此外接种年龄也有区别，二价疫苗在9~45岁女性间接种。四价疫苗在20~45岁女性间接种。九价疫苗在16~26岁女性间接种。