造成肛门内表现出隐隐作痛的病变原因有很多，主要包括内痔、直肠息肉以及肛窦炎等。1、内痔会造成肛门内表现出隐痛的现象，内痔是发生于肛管齿状线之上的痔疮，特别是当内痔的痔核形成之后会对周围直肠黏膜形成刺激。同时痔核自身也会发生水肿或充血的症状，因此造成肛门内侧表现出疼痛以及出血。2、直肠息肉也会造成肛门内侧隐痛的症状，粪便以及细菌的长时间刺激造成直肠内黏膜向肠道内增生，因此造成疼痛。情况严重的还会对排便造成影响，甚至发生直肠黏膜从肠壁上脱离的现象。3、由于肛窦处于的位置比较特殊，很容易受到粪便以及细菌的感染而表现出炎症，形成的肛窦炎会造成肛门部位表现出疼痛、水肿以及明显的坠胀感。