凌晨三点多表现出胃疼的症状多考虑是十二指肠溃疡造成，建议病人需要及时到医院就诊，配合医生给予检查电子胃镜。如果明确存在十二指肠溃疡，还需要进一步检查碳13或碳14呼气试验，以了解是否存在幽门螺杆菌感染。因为大部分的消化性溃疡是由于幽门螺杆菌感染造成，因此这时候病人需要配合医生给予使用药物根除幽门螺杆菌治疗，才可以彻底的治愈溃疡。而如果病人表现出半夜腹痛的症状，已经排除消化道的问题，就得要注意其它的急腹症，如胰腺炎、胆囊炎、阑尾炎或者妇科疾病、泌尿系疾病等。建议病人有必要的时候需要配合医生给予详细的检查，以协助明确诊治。