怀孕三个月的药流过程，一般是首先口服米非司酮三天，然后在第四天使用米索前列醇。米索前列醇可以口服，也可以阴道上药或者肛门上药。怀孕三个月的药流是有一定的风险的，有可能会表现出阴道大出血的并发症，因此一定不能够在家自行服用药流药物，必须到医院住院观察。此外，药流有一定的药流不全的机会，当表现出了药流不全，还需要做一下清宫手术。清宫手术的过程跟人流手术是一样的，只是时间会稍微短一些。