小孩肛门疼痛的原因有很多：一、如果既往有击打蹲坐的病史，有异物损伤肛门直肠，有可能造成局部的疼痛。可以行肛周视诊观察是否表现出裂口，如果有刀枪等异物插入肛门直肠，可以见到裂口，会造成肛周疼痛。二、如果小孩大便比较干结，干硬的粪便容易损伤肛管皮肤造成裂伤，经过肛周视诊也可以见到纵行的裂口，有时还会有梭形的溃疡。三、如果小孩长时间的腹泻，肛腺感染容易造成肛周脓肿，表现为肛周炎性的包块，波动度明显。可以行肛周彩超明确诊断，表现出肛周脓肿也会造成肛门周围疼痛。