肺炎支原体、衣原体若是阴性，表明肺炎没有非典型性病原体感染，可以不必要用大环内酯类抗生素来抗支原体、衣原体治疗。造成肺炎的病原体有很多，多见的有革兰氏阳性球菌或者是革兰氏阴性杆菌，以及真菌、病毒或者结核菌感染等等。要根据不同病原菌选择有效的抗生素来治疗。革兰氏阳性球菌多选用青霉素类，或者二代的头孢类抗生素，革兰氏阴性杆菌可以选择三代头孢类抗生素，或者联合氨基糖苷类抗生素，对于特殊的菌群，比如铜绿假单胞菌，要选择敏感的抗生素。对于重症肺炎、难治性肺炎，以及表现出多重耐药菌感染的，或者混合菌感染的肺炎，要根据病原学的检查结果来选择抗生素。若是真菌感染性肺炎，要抗真菌治疗，肺结核要抗结核治疗等等。