肛瘘病人通常表现出肛周潮湿、瘙痒，自外口流出脓液或黏液，分泌物反复刺激肛周皮肤容易并发肛门湿疹，表现出皮肤丘疹后表皮脱落，长时间不愈合会造成皮肤增厚，呈苔藓样变。高位复杂性肛瘘，由于慢性炎症刺激，造成肛管直肠环纤维化，或瘘管围绕肛管形成半环状纤维条索，影响肛门括约肌收缩，表现出排大便不通畅。如果肛瘘病人外口闭合，瘘管引流不通畅，脓液积聚，还会表现出局部胀痛或跳痛，如果内口比较大，粪便进入瘘管则造成疼痛，尤其排便时疼痛加重。