三个月婴儿睡觉摇头最多见的原因是需要考虑维生素D缺乏性佝偻病的初期。大多数宝宝没有及时进行维生素D的补充，而且不喜欢晒太阳，甚至还存在食欲不好的情况。建议及时进行补充，必要时需要进行血液检查明确，主要是进行维生素D的测量，钙元素以及磷、碱性磷酸酶的检查明确，部分宝宝还可能会有颅骨软化的情况。三个月宝宝摇头还见于太热了或者是头部有皮疹表现出瘙痒而造成的，就需要注意进行观察。