扁平苔癣的病因和发病机理，在临床上还不是非常明确的，但是有的情况下可能和病人具有一定的家族性的遗传现象有关系。因为很多扁平苔癣发生的时候，可能具有一定的家族性的愈发倾向，而且具有一定的遗传性的易感基因。此外有的扁平苔癣可能和自身的免疫异常有一定的关系，还有的病人可能和特定的感染有关，比如有的扁平苔癣可能和口腔内部形成一定的感染，或者是形成一定的白色念珠菌感染，因此继发形成扁平苔癣。也有的可能和神经精神紧张以后而造成的一种皮肤炎症性的损害，或者是由于特定的药物产生了一定的炎症，比如口服的一些氢氯噻嗪或者是别嘌呤醇等，这些都有可能诱发扁平苔癣的发生。