肛瘘是一种多见的疾病，中医上认为肛瘘多为肛痈溃后久不收口，湿热余毒未尽，或痨虫内侵，肺、脾、肾三脏亏损，气血不畅、正气内伤、毒邪乘虚而入，热腐成脓，日久成瘘。西医上认为肛瘘形成的原因，主要和肛腺感染有关，肛窦炎造成肛腺管开口充血水肿，肛腺内分泌物排出不通畅，因此造成感染扩散。有时肛肠手术、外伤、注射、肛门镜检查等损伤肛管，直肠细菌侵入伤口也会造成感染，结核、放线菌等也会造成肛门直肠感染，形成肛瘘。