现阶段在临床上对于肛门闭锁发生的原因，并没有明确。因为肛门闭锁多是先天性的消化道发育畸形，在新生儿中比较多见。病人出生之后就会表现出肛门、肛管或者是直肠末端的闭锁，造成在外观上观察不到肛门，而且会造成病人不能正常的排便。而诱发的原因可能是在怀孕期间造成的，而影响的因素可能是怀孕期间服用药物，或者是环境辐射造成基因突变，也可能是本身存在一定的遗传倾向，进而造成的。因此对于肛门闭锁的原因，现阶段临床上并没有明确的说法。但是对于肛门闭锁一旦发现，建议积极采取手术治疗。