卵巢巧克力囊肿治疗原则是缩小或者去除病灶，减轻和控制疼痛为主。预防减少复发。根据病人的年龄症状以及有无生育要求、病变范围等等，可以制定个体化的治疗方案，保守治疗，比如使用避孕药，长时间使用可以达到人工闭经，呈现一个假孕的疗法。其次，可以考虑腹腔镜手术切除异位的子宫内膜，属于微创手术，对病人的创伤比较小，治疗比较彻底。术后采用药物巩固治疗、预防巧克力囊肿的复发即可。要定期密切随访，观察病情的发生发展演变以及有无复发等等。