射精后腰疼的原因如下：1、精囊炎，当精囊内存在炎症感染时，可造成精索炎症，产生疼痛。疼痛可放射至腰腹部，造成腰部疼痛，需要进行精囊彩超等检查确诊，及时的进行抗感染治疗，避免对精液质量造成影响。2、前列腺炎，在性生活时可能会造成前列腺充血，诱发前列腺周围神经系统功能紊乱，会刺激到腰部的神经，造成腰痛。需要进行前列腺液常规等检查确诊，然后使用前列舒通胶囊、三金片等药物进行治疗。