早晨起来眼睛充血有多种原因，多见的有：一、结膜炎，结膜炎多见的症状为结膜充血，结膜有分泌物，分泌物有脓性的、水样的、粘液样的。此外有些结膜炎的病人还伴随眼痒、眼内异物感、畏光流泪等。大部分结膜炎都是由于感染或过敏造成的，一般根据病因给予相应的抗感染和抗过敏等治疗，大多可康复。二、视疲劳，早晨起来眼睛充血，很有可能是因为长期近距离用眼，长期使用手机、电脑，熬夜之后造成，表现为结膜充血。这种情况建议减少用眼，多休息，减少使用电子产品，配合人工泪液点眼大多可好转。三、有些干眼症的人群，也会有眼睛充血的现象，建议根据病因给予人工泪液点眼治疗。