桥本甲状腺炎的原因尚不清楚。现阶段认为本病为遗传因素和多种内外环境因素影响的自身免疫性甲状腺病，10%的病人有家族史，临床多见到桥本甲状腺炎的多发家系，可见遗传因素在其发病中具有重要作用。本病为自身免疫病的佐证如下：本病病人血清中抗甲状腺抗体包括甲状腺球蛋白抗体和甲状腺过氧化物酶抗体常明显升高，甲状腺组织中有大量淋巴细胞和浆细胞浸润和淋巴滤泡形成，显示了细胞介导自身免疫机制，本病可和其他自身免疫病共存，比如恶性贫血、干燥综合症、慢性活动性肝炎、系统性红斑狼疮等。本病病人的淋巴细胞在体外和甲状腺组织抗原接触后，可产生白细胞移动抑制因子，上述情况均可在弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进和特发性粘液性水肿中见到，提示三者有共同的发病基础。