小儿埃可及柯萨奇病毒感染是因为埃可和柯萨奇病毒，经呼吸道或口腔进入消化道，侵入肠道黏膜，在该处的上皮细胞及肠壁淋巴组织中居留和增殖。在早期也可在咽部淋巴组织停留和增殖，病毒从上述部位经淋巴及血液循环到达全身各器官，因此造成内脏器官的病变。临床表现极为多样化，病情轻重差异悬殊。同型病毒有不同临床表现，不同型病毒可有相似症状，故单从临床表现难以判定型别，常为多种表现同时存在，所以临床以对症处理和抗病毒治疗为主。