卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，也是会癌变的，不过癌变率是比较低的，临床上有以下情况的时候应当警惕内异症恶变：1、绝经后内异症病人疼痛节律改变。2、卵巢囊肿直径>10cm。3、影像学检查有恶性征象。4、血清CA125水平>200U/mL。对于卵巢巧克力囊肿的病人，如果临床症状十分的明显，也是可以进行手术治疗的，手术治疗能够减轻症状，但是卵巢巧克力囊肿在手术之后肯定会复发，只不过复发的时间可能是不同的，因此一定要用药物治疗来延缓复发的时间。