甲胎蛋白是原发性肝癌的一种特异性的肿瘤标志物，甲胎蛋白在85%的肝癌病人中都会明显增高，甲胎蛋白在肝癌的诊断以及早期筛查中具有重要的价值。一般来说，经过甲胎蛋白检查和影像学检查就能够确诊肝癌，而不需要做病理检查。甲胎蛋白主要适用于原发性肝癌的诊断。此外，在一些生殖细胞肿瘤中，甲胎蛋白也有可能升高，但是甲胎蛋白一般都不能作为生殖细胞肿瘤诊断的依据，甲胎蛋白只能用于原发性肝癌的诊断。