肛瘘手术后一般会疼5-7天，术后病人排大便，粪便刺激肛瘘手术后的创面会造成疼痛，术后5-7天肉芽组织生长，粪便刺激也会造成疼痛，待创面愈合，不会表现出疼痛的症状。肛瘘手术后应该及时的给予止痛药物治疗，保持排大便通畅，可以多吃一些新鲜的蔬菜或者水果，软化大便，促进粪便的顺利排出，还可以适量的喝一些蜂蜜水或液状石蜡油，减轻粪便对肛瘘手术后创面的刺激。肛瘘手术后还应该保持局部清洁，可以应用温盐水或中药进行坐浴或熏洗，改善肛周的微循环，缓解疼痛。