治疗肛瘘，可以应用一些中药治疗，经过药物可以控制感染，减轻症状，可以应用中药进行熏洗，常用的药物有五倍子汤、苦参汤、祛毒汤或止痛如神汤，药物加水煮沸，先熏后洗，可以减轻肛瘘的症状。急性发作期，如果肛瘘合并感染，还可以应用一些抗生素抗感染治疗，常用的药物有针对革兰阴性菌的抗生素或广谱抗生素，还可以应用一些抗厌氧菌的药物，比如甲硝唑、替硝唑等进行治疗。一旦明确肛瘘，应该积极的行手术治疗，只有经过手术才能够彻底的根除这种病，将内口也就是感染源完整切除，达到彻底根治的效果。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。