正常情况下，如果月经在第6天的时候还没有干净的情况下就同房是有影响的，因为在第6天的时候月经没干净，也就是说子宫内膜还没有完全修复。这个时候同房一旦有致病菌进入到阴道当中就很可能感染到宫颈，造成宫颈炎症。如果感染到子宫内膜，会造成子宫内膜的炎症，甚至在临床上有可能会造成盆腔的炎症，因此在月经第6天还没干净的情况下是不可以同房的。如果已经同房建议最好是保持外阴清洁，预防感染。建议最好是月经完全干净2-3天之后再同房。