上厕所肛门疼痛的原因有很多，第一、考虑是肛裂，肛裂的主要诱因是大便干燥，或者大便头部干硬，将肛门或者肛管的黏膜撕裂，导致的肛门疼痛，它的表现是肛门疼痛，大便出血，排便的时候疼痛明显，大便以后疼痛会逐渐减轻。第二、考虑诊断是炎性外痔或者血栓性外痔，主要是大便干燥或者腹泻、便秘、久坐、久蹲导致的肛门皮肤水肿，下面血管破裂形成的血栓淤积，按压起来是硬的，质地像鼻尖的硬度。第三、诊断是肛周脓肿，出现肛周的红、肿、热、痛，如果成脓表面有波动感，肛周B超可以做出明确的诊断。